इमारत चट्टान के पैर में स्थित है जिस पर एक्रोपोलिस स्थित है। साइट की ख़ासियत के कारण, यह पूर्व-पश्चिम अक्ष के साथ उन्मुख है, लेकिन इसकी पूरी ऊपरी, तीसरी मंजिल पर कब्जा कर रहा है, पार्थेनन गैलरी को इमारत की मुख्य मात्रा के संबंध में तेजी से तैनात किया गया है और उत्तर की ओर है। इससे न केवल गर्म जलवायु में ओवरहेटिंग की समस्या को आंशिक रूप से हल करना संभव हो गया, बल्कि हॉल को मूर्तियों से भी जोड़ा गया, जो एक बार महान मंदिर के अग्रभाग को पार्थेनन के साथ, संग्रहालय से 300 मीटर से कम दूरी पर स्थित था। इस समाधान का गतिशील प्रभाव इमारत को ऊर्जा से भर देता है; इसमें कोई एक निश्चित प्रतीकात्मक अर्थ देख सकता है: यह एक्रोपोलिस की ओर मुड़ता हुआ प्रतीत होता है, अतीत की ओर, जो नए भवन में ग्रीक सरकार द्वारा डाले गए राजनीतिक संदेश से मेल खाता है: चलो घड़ी को वापस करते हैं और स्मारक को वापस लाते हैं मूल स्थिति (या कम से कम अपने सभी हिस्सों को अब लंदन, पेरिस, पलेर्मो, रोम में संग्रहित करके लाएं)।
इस तरह की बयानबाजी वास्तुशिल्प परियोजना को प्रभावित कर सकती थी: 2001 में प्रतियोगिता में चुमी के संस्करण की जीत के बाद भी, ग्रीस में संग्रहालय की इमारत के नवशास्त्रीय डिजाइन के कई समर्थक थे। हालांकि, कांच, कंक्रीट और संगमरमर की बहुत ही विवेकशील मात्रा कुछ हद तक "ऐतिहासिक" संरचना की तुलना में आर्कटिक काल से रोमन काल तक मूर्तिकला के संग्रह के लिए बहुत अधिक विचारशील पृष्ठभूमि प्रदान करती है।
इस तथ्य के कारण कि इमारत के नीचे प्राचीन काल के एक शहर के क्वार्टर के अवशेष पाए गए थे, इसे "टिका" के साथ 100 कंक्रीट के समर्थन पर जमीन से ऊपर उठाने का निर्णय लिया गया था, जो संभावित भूकंप के मामले में कंपन को कम करना चाहिए; पहली नज़र में, वे यादृच्छिक रूप से व्यवस्थित होते हैं, लेकिन वास्तविकता में - ताकि पुरातात्विक खोज को नुकसान न पहुंचे। प्राचीन मकानों की नींव को संग्रहालय के भूतल के फर्श में खुले और चमकते हुए क्षेत्रों के माध्यम से देखा जा सकता है, जहाँ अस्थिभवन और अस्थायी प्रदर्शनियों के हॉल स्थित हैं। वहां से, आगंतुक दूसरी मंजिल तक जाता है, जहां पार्थेनन मूर्तियों को छोड़कर सभी प्रदर्शनियों का प्रदर्शन किया जाता है, और एक कैफे के साथ एक खुली छत भी है। "पार्थेनन गैलरी" के साथ तीसरी मंजिल एक आयताकार चमकता हुआ स्थान है, जिसके केंद्र में एक ठोस मात्रा है, जो मंदिर के सेल के आकार को दोहराता है। पैनाथेनिक जुलूस के साथ प्रसिद्ध फ्रेज को मूल भागों और कलाकारों से इस पर फिर से बनाया गया है।
संग्रहालय में "कला के मंदिर" का गंभीर माहौल आगंतुकों की अपेक्षित बड़ी संख्या के बावजूद जारी रहेगा: शोर कंक्रीट की दीवारों में बने कई परिपत्र छेदों द्वारा अवशोषित किया जाएगा। किसी भी सजावट की अनुपस्थिति के अलावा, संकेत और लेबल की संख्या आवश्यक न्यूनतम तक कम हो गई है: कुछ भी प्रदर्शनों से विचलित नहीं होना चाहिए। एक अच्छी तरह से सोचा जाने वाला मार्ग संग्रह के निरीक्षण की सुविधा प्रदान करेगा: भवन के नीचे पुरातात्विक खुदाई से दूसरी मंजिल पर पुरातन मूर्तिकला तक, फिर तीसरे पर पार्थेनन गैलरी और फिर हेलेनिस्टिक और रोमन काल।
